برنامه جلسات هفتگی، نیم‌سال اول ۹۳

April 9th, 2014

موضوع محوری این نیم‌سال «مروری بر مباحث مدل‌سازی سیستم‌های عصبی» است. برنامه‌ها رأس ساعت ۱۰:۳۰ صبح شروع می‌شود.

موضوع سخنران منتخب تاریخ
تعیین موضوع محوری نیم‌سال عبدالحسین عباسیان ۹۳/۰۱/۲۱
TBA عبدالحسین عباسیان
علیرضا ولی‌زاده 
۹۳/۰۱/۲۸
نقش میمون در سهم شبکه‌های تصادفی!! عبدالحسین عباسیان ۹۳/۰۲/۰۴
ادامه مبحث «نقش میمون در سهم شبکه‌های تصادفی» عبدالحسین عباسیان
علیرضا ولی‌زاده 
۹۳/۰۲/۱۱
گذشته تا حال شبکه‌های RNN بحث آزاد ۹۳/۰۲/۲۵
Neural variability and adaptation عبدالحسین عباسیان ۹۳/۰۳/۰۸
On slow-fast dynamical systems سمیه یاسمن ۹۳/۰۳/۲۹
به بهانه بزرگداشت هشتاد سالگی «جک کاوان عبدالحسین عباسیان ۹۳/۰۵/۲۳
به بهانه بزرگداشت هشتاد سالگی «جک کاوان» - ادامه عبدالحسین عباسیان ۹۳/۰۵/۳۰

برنامه جلسات هفتگی، نیم‌سال دوم ۹۲

October 27th, 2013

موضوع محوری این نیم‌سال، دینامیک زمانی-مکانی شبکه‌های مغزی خواهد بود. برنامه‌ها رأس ساعت ۱۰:۳۰ صبح شروع خواهد شد.

موضوع سخنران منتخب تاریخ
Phrenology and Brain Imaging بهادر بهرامی ۹۲/۰۶/۲۸
Functional Parcellation of Human Visual Cortex رضا راجی مهر ۹۲/۰۷/۰۴
Biological Signal Processing بهتاش بابادی ۹۲/۰۷/۱۱
Calcium Diffusion in Brain Extracellular Space پدیده کمالی زارع ۹۲/۰۷/۱۸
Processing spatiotemporal patterns in cortical networks علیرضا ولی‌زاده ۹۲/۰۸/۰۹
Cerebral Game of Life, Beyond John Conway's Imagination

[1] Qi, Y., Palmer, J., Gong, P. (2013).
Discrete breathers in integrate-and-fire oscillator networks.

Europhysics Letters: a letters journal exploring the frontiers of physics, 102(3), Article 30003.
[2] Gong, P., Steel, H., Robinson, P., Qi, Y. (2013).
Dynamic patterns and their interactions in networks of excitable elements.

Physical Review E (Statistical, Nonlinear, and Soft Matter Physics), 88(4), 042821.
[3] Palmer, J., Gong, P. (2013).
Formation and Regulation of Dynamic Patterns in Two-Dimensional Spiking Neural Circuits
with Spike-Timing-Dependent Plasticity.
Neural Computation, 25, 2833-2857-2833-2857.
[4] Gong, P., Loi, S., Robinson, P., Yang, C. (2013).
Spatiotemporal pattern formation in two-dimensional neural circuits: roles of refractoriness and noise.

Biological Cybernetics: communication and control in organisms and automata, 107, 1-13.

عبدالحسین عباسیان ۹۲/۰۸/۳۰
Emergent Oscillation in a clustered Neural Network روزبه فرهودی ۹۲/۰۹/۰۷
Polychronization

[1] E. M. Izhikevich. (2005). Polychronization: Computation With Spikes. Neural Computation
[2] E. M. Izhikevich, F. C. Hoppensteadt (2008). Polychronous Wavefront Computations.
International Journal of Bifurcation and Chaos, 19, No. 5 (2009) 1733–1739.

عبدالحسین عباسیان
Polychronization عبدالحسین عباسیان ۹۲/۰۹/۱۴
Maximum entropy models and its applications [article] [book] محمد پاک‌دامن ۹۲/۰۹/۲۱
Random Memory

[1] S. Romani, I. Pinkoviezky, A. Rubin, M. Tsodyks. (2013).
Scaling Laws of Associative Memory Retrieval. 
Neural Computation

عبدالحسین عباسیان
Impact of Synaptic Plasticity and Network Topology on Synchronization

[1] Arenas, Alex, et al. Synchronization in complex networksPhysics Reports, 469.3 (2008): 93-153.
[2] Acebrón, Juan A., et al. The Kuramoto model: A simple paradigm for synchronization phenomena.
Reviews of modern physics, 77.1 (2005): 137.

محمد خسروی ۹۲/۰۹/۲۸
Synaptic Dynamics

[1] P. Miller (2013). Stabilization of Memory States by Stochastic Facilitating Synapses.
Journal of Mathematical Neuroscience, 3:19.

عبدالحسین عباسیان
The phase-of-firing code: What can information theoretic measures tell us
about the hybrid neural codes that use LFP and CSD with spiking activity?
سهیل سیادت‌نژاد ۹۲/۱۰/۱۹
Nonnormality revisited, I عبدالحسین عباسیان ۹۲/۱۰/۲۶
Nonnormality revisited, II عبدالحسین عباسیان ۹۲/۱۱/۰۳
Morse Decomposition and its Applications غلامرضا رکنی لموکی ۹۲/۱۱/۱۰
Morse Decomposition and its Applications, II غلامرضا رکنی لموکی ۹۲/۱۱/۱۷
Dynamic Clustering and spatio-temporal coding عبدالحسین عباسیان ۹۲/۱۱/۲۴
------- ------- ۹۲/۱۲/۰۱
We've got the rhythm روزبه فرهودی ۹۲/۱۲/۰۸
Embedding Multiple Trajectories in Recurrent Neural Networks علیرضا ولی‌زاده ۹۲/۱۲/۱۵
------- ------- ۹۲/۱۲/۲۲

برنامه جلسات هفتگی، نیم‌سال اول ۹۲

April 16th, 2013

موضوع محوری این نیم‌سال راجع به مطالعه نوسان‌گرها در سیستم عصبی است. برنامه‌ها رأس ساعت ۱۰:۳۰ صبح شروع خواهد شد.

موضوع سخنران منتخب تاریخ
مروری برفصل هشتم کتاب ترمن (بخش اول) محمد خسروی ۹۲/۰۱/۲۹
Pattern Formation in an Array of Oscillators with Electrical and Chemical Coupling مصطفی خسروی ۹۲/۰۲/۰۵
مروری برفصل هشتم کتاب ترمن (بخش دوم) محمد خسروی ۹۲/۰۲/۱۲
Reordering of recurrent connectivity, fast spiking neuron and STDP مهدی بیاتی ۹۲/۰۲/۱۹
Biological Oscillations: Perturbations and weak couplings

[1] J. D. Murray, Mathematical Biology, I: An Introduction, 2007.
[2] Hinke M. Osinga & Krasimira T. Tsaneva-Atanasova, Geometric analysis of transient bursts, 2013.

[3] Pablo Aguirre & Bernd Krauskopf, and Hinke M. Osinga, Global invariant manifolds
near homoclinic orbits to a real saddle: (non)orientability and flip bifurcation, 2013
[4] Desroches M, Guckenheimer B, Krauskopf B, Kuehn C,Osinga H & Wechselberger,
Mixed-mode oscillations with multiple time scales. SIAM Review, vol 54., 2012

غلام‌رضا رکنی لموکی
مروری برفصل هشتم کتاب ترمن (بخش سوم) محمد خسروی ۹۲/۰۲/۱۹
مروری برفصل هشتم کتاب ترمن (بخش چهارم) راجع به Coupled Oscilators محمد خسروی ۹۲/۰۳/۰۲ 
Review of
"Dynamical Movement Primitives: Learning Attractor Models for Motor Behaviors"
 by "Stefan Schaal"
عبدالحسین عباسیان
مروری بر فصل هشتم کتاب ترمن (بخش آخر) محمد خسروی ۹۲/۰۳/۰۹
How the brain generates movement عبدالحسین عباسیان
Transient Bursts
Hinke M. Osinga & Krasimira T. Tsaneva-Atanasova, Geometric analysis of transient bursts, 2013.
راضیه ملکی اصل ۹۲/۰۳/۳۰
Jarzinski inequality روزبه فرهودی ۹۲/۰۴/۰۶
Ordinary and delay differential equation models of viral infection
with application to HIV and Hepatitis C virus (Link to Ms Thesis)
 پویا اعوانی ۹۲/۰۴/۱۳
Ising glasses روزبه فرهودی ۹۲/۰۴/۲۰
Diffusion in brain extracellular space محسن یوسف نژاد ۹۲/۰۴/۲۷
Diffusion in brain extracellular space (2nd part) محسن یوسف نژاد ۹۲/۰۵/۰۳
The GUTs of Neuroscience عبدالحسین عباسیان
-------- -------- ۹۲/۰۵/۱۰
-------- -------- ۹۲/۰۵/۱۷
The GUTs of Neuroscience عبدالحسین عباسیان ۹۲/۰۵/۲۴
The effect of inhomogeneity in neural connectivity of a balanced network
on the oscilation of the population firing rate
روزبه فرهودی
مازیار حیدری
۹۲/۰۵/۳۱
The GUTs of Neuroscience عبدالحسین عباسیان ۹۲/۰۵/۳۱
Excitable neurons, firing threshold manifolds and canards (article) هانیه فلاح ۹۲/۰۶/۰۷
Evolutionary dynamics in set structured populations (article) محمدجواد اکبری ۹۲/۰۶/۰۷
Last Session on "The GUTs of Neuroscience" عبدالحسین عباسیان ۹۲/۰۶/۱۴

Attachments:

برنامه جلسات هفتگی سال ۹۱

November 1st, 2012
موضوع سخنران منتخب تاریخ
Cell Differentiation روزبه تویسرکانی ۹۱/۰۷/۲۷
Controlling Biological Networks by Time-Delayed Signals محمد خسروی ۹۱/۰۸/۱۸
TBA علیرضا ولی‌زاده ۹۱/۰۸/۲۵
Slow dynamics and high variability in balanced cortial networks
with clustered connections
روزبه فرهودی ۹۱/۰۹/۰۹
Short-term facilitation may stabilize parametric working memory trace محسن شریفی‌تبار
Codimension-two homoclinic bifurcations underlying spike adding
in the Hindmarsh-Rose burster
هانیه فلاح ۹۱/۰۹/۲۳
Coupling Morris-Lecar neurons with class 1 and class 2 excitability سمیه یاسمن
Neural control engineering in BCI and Parkinson Disease عبدالحسین عباسیان ۹۱/۱۰/۲۱
Generative Models for Functional Data using Phase and Amplitude Separation عبدالحسین عباسیان ۹۱/۱۰/۲۸
Estimating the firing rate of spike train
(link to the articlePresentation is attached)
طاهره طوسی ۹۱/۱۱/۱۲
Introduction to parameter estimation
Reference: "Pattern Classification" by Duda, Hart and Stork 
هادی معبودی
Spike train statistics (Presentation is attached) احسان صبری ۹۱/۱۱/۱۹
Entropy and information theory (Presentation is attached)
link to article 1,  link to article 2
طاهره طوسی
Spike train encoding and decoding
link to article 1, link to article 2, link to article 3
صفورا رشید شمالی ۹۱/۱۱/۲۶
Statistical models of neural data (Presentation is attached)

References:
Point Process Models for Neural Spike Trains
Neural Signal Processing: Tutorial I
Neural Signal Processing: Tutorial II
Point Process Model Estimationand Goodness-of-Fit Analysis

Statistical models of spike trains
Statistical Issues in the Analysis of Neuronal Data
Theory of point processes for neural systems

هادی معبودی
An introduction to information geometry of spike trains هادی معبودی ۹۱/۱۲/۰۳
Population coding: Ising model and GLM صفورا رشید شمالی
Real Data from Neuroscience and working with them   ۹۱/۱۲/۱۰